中國(guó)完成家蠶基因組“框架圖”
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時(shí)間：2003-11-16 08:01:00
我國(guó)科學(xué)家１５日宣布：經(jīng)過(guò)４００多名科研人員５個(gè)多月的艱苦努力，我國(guó)已率先完成家蠶基因組“框架圖”繪制工作。根據(jù)計(jì)算機(jī)組裝和數(shù)據(jù)分析結(jié)果表明，基因組測(cè)序完成了６倍的覆蓋深度，所獲序列覆蓋了家蠶基因組的９５．５４％，精確度達(dá)到了９９ ．９５％，完全達(dá)到了高質(zhì)量工作“框架圖”的要求。
這是我國(guó)科學(xué)家繼完成人類基因組１％測(cè)序工作、水稻基因組“框架圖”和“精密圖”之后，向人類貢獻(xiàn)的第三大基因組研究成果。
中國(guó)家蠶基因組計(jì)劃項(xiàng)目主持人、中國(guó)工程院院士向仲懷說(shuō)：“我國(guó)率先向世界公布第一個(gè)家蠶基因組‘框架圖'，標(biāo)志著我國(guó)在家蠶基因組研究方面已居世界領(lǐng)先地位，也是建立２１世紀(jì)‘絲綢之路'的起點(diǎn)和里程碑?！?
中國(guó)是蠶絲業(yè)的起源地。目前以現(xiàn)代科技為核心，以基因組研究為平臺(tái)，從家蠶入手，找到并構(gòu)筑一條蠶業(yè)技術(shù)的突破之路、人類對(duì)鱗翅目類農(nóng)林害蟲(chóng)的根治之路、開(kāi)發(fā)生物藥品和防控人類疾病的醫(yī)學(xué)健康之路為主要內(nèi)容的“２１世紀(jì)絲綢之路”，已成為各國(guó)蠶業(yè)科學(xué)家的共識(shí)，并為此展開(kāi)了激烈的國(guó)際競(jìng)爭(zhēng)。
西南農(nóng)業(yè)大學(xué)蠶桑學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室的研究人員，利用學(xué)校擁有的世界規(guī)模最大的家蠶（鱗翅目昆蟲(chóng)）基因庫(kù)，聯(lián)合中科院北京基因組研究所，于今年５月緊急啟動(dòng)了我國(guó)家蠶基因組計(jì)劃項(xiàng)目。
科研人員采用目前國(guó)際先進(jìn)的全基因組霰彈法測(cè)序技術(shù)，將家蠶全基因組切斷為平均大小分別為２０００和８０００個(gè)堿基對(duì)的兩個(gè)隨機(jī)片段庫(kù)，利用全自動(dòng)ＤＮＡ測(cè)序儀分別進(jìn)行大規(guī)模測(cè)序，然后運(yùn)用超大規(guī)模計(jì)算機(jī)對(duì)隨機(jī)片段進(jìn)行組裝，重建家蠶全基因組序列圖譜。
家蠶全基因組有４億５千萬(wàn)堿基對(duì)，約為人類全基因組的七分之一，略大于水稻基因組，但科研人員僅用５個(gè)多月的時(shí)間就完成了從ｃＤＮＡ文庫(kù)構(gòu)建到測(cè)序和組裝框架圖的所有工作，創(chuàng)下了基因組研究的最快紀(jì)錄，并且優(yōu)化了基因組測(cè)序技術(shù)，大幅降低了研究成本，提高了工作“框架圖”的質(zhì)量和準(zhǔn)確度。
有關(guān)專家介紹，“框架圖”的完成只是家蠶基因組研究和開(kāi)發(fā)計(jì)劃的第一步，而其“精細(xì)圖”預(yù)計(jì)在明年完成。科研人員將利用生物信息學(xué)的最新方法，對(duì)家蠶所擁有的所有基因進(jìn)行注釋，開(kāi)展重要功能基因的基礎(chǔ)和應(yīng)用研究，并聯(lián)合國(guó)內(nèi)科研單位，組成攻關(guān)隊(duì)伍，開(kāi)展蠶絲產(chǎn)業(yè)化應(yīng)用和模式昆蟲(chóng)、醫(yī)學(xué)模式和生物工廠研究。
新聞背景：家蠶基因組“框架圖”與“精細(xì)圖”的區(qū)別
有關(guān)專家介紹，家蠶基因組“框架圖”的完成只是家蠶基因組研究和開(kāi)發(fā)計(jì)劃的第一步，而其“精細(xì)圖”預(yù)計(jì)在明年完成。家蠶基因組“框架圖”與“精細(xì)圖”有什么區(qū)別呢？
中國(guó)家蠶基因組計(jì)劃項(xiàng)目主持人、中國(guó)工程院院士向仲懷介紹，“框架圖”是相對(duì)于“完成圖”或“終圖”而言，但實(shí)際上，真正的“完成圖”并不存在，因?yàn)樗倳?huì)存在一些空隙，而“精細(xì)圖”則比“框架圖”更進(jìn)一步，更為準(zhǔn)確、精細(xì)。
基因組“框架圖”的要點(diǎn)包括：測(cè)序工作量達(dá)到基因組的５倍；基因覆蓋率達(dá)到９０％以上，即經(jīng)初步組裝的“一致性”序列占整個(gè)基因組的９０％以上；經(jīng)初步組裝的“一致性”序列中堿基的準(zhǔn)確率達(dá)９９％以上，即每一堿基出錯(cuò)的可能性（誤差率）應(yīng)低于１％。
家蠶基因組有４億５千萬(wàn)堿基對(duì)，約為人類全基因組的七分之一，是果蠅基因組的３倍，略大于水稻基因組。我國(guó)科學(xué)家繪制完成的家蠶基因組“框架圖”，覆蓋度一次性從水稻的４．８倍提高到６倍，大大提高了“框架圖”的質(zhì)量和準(zhǔn)確度，進(jìn)一步展示了我國(guó)的高通量、低成本的基因測(cè)序技術(shù)，以及高性能計(jì)算的能力和軟件編寫(xiě)上的綜合實(shí)力。（完）
這是我國(guó)科學(xué)家繼完成人類基因組１％測(cè)序工作、水稻基因組“框架圖”和“精密圖”之后，向人類貢獻(xiàn)的第三大基因組研究成果。
中國(guó)家蠶基因組計(jì)劃項(xiàng)目主持人、中國(guó)工程院院士向仲懷說(shuō)：“我國(guó)率先向世界公布第一個(gè)家蠶基因組‘框架圖'，標(biāo)志著我國(guó)在家蠶基因組研究方面已居世界領(lǐng)先地位，也是建立２１世紀(jì)‘絲綢之路'的起點(diǎn)和里程碑?！?
中國(guó)是蠶絲業(yè)的起源地。目前以現(xiàn)代科技為核心，以基因組研究為平臺(tái)，從家蠶入手，找到并構(gòu)筑一條蠶業(yè)技術(shù)的突破之路、人類對(duì)鱗翅目類農(nóng)林害蟲(chóng)的根治之路、開(kāi)發(fā)生物藥品和防控人類疾病的醫(yī)學(xué)健康之路為主要內(nèi)容的“２１世紀(jì)絲綢之路”，已成為各國(guó)蠶業(yè)科學(xué)家的共識(shí)，并為此展開(kāi)了激烈的國(guó)際競(jìng)爭(zhēng)。
西南農(nóng)業(yè)大學(xué)蠶桑學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室的研究人員，利用學(xué)校擁有的世界規(guī)模最大的家蠶（鱗翅目昆蟲(chóng)）基因庫(kù)，聯(lián)合中科院北京基因組研究所，于今年５月緊急啟動(dòng)了我國(guó)家蠶基因組計(jì)劃項(xiàng)目。
科研人員采用目前國(guó)際先進(jìn)的全基因組霰彈法測(cè)序技術(shù)，將家蠶全基因組切斷為平均大小分別為２０００和８０００個(gè)堿基對(duì)的兩個(gè)隨機(jī)片段庫(kù)，利用全自動(dòng)ＤＮＡ測(cè)序儀分別進(jìn)行大規(guī)模測(cè)序，然后運(yùn)用超大規(guī)模計(jì)算機(jī)對(duì)隨機(jī)片段進(jìn)行組裝，重建家蠶全基因組序列圖譜。
家蠶全基因組有４億５千萬(wàn)堿基對(duì)，約為人類全基因組的七分之一，略大于水稻基因組，但科研人員僅用５個(gè)多月的時(shí)間就完成了從ｃＤＮＡ文庫(kù)構(gòu)建到測(cè)序和組裝框架圖的所有工作，創(chuàng)下了基因組研究的最快紀(jì)錄，并且優(yōu)化了基因組測(cè)序技術(shù)，大幅降低了研究成本，提高了工作“框架圖”的質(zhì)量和準(zhǔn)確度。
有關(guān)專家介紹，“框架圖”的完成只是家蠶基因組研究和開(kāi)發(fā)計(jì)劃的第一步，而其“精細(xì)圖”預(yù)計(jì)在明年完成。科研人員將利用生物信息學(xué)的最新方法，對(duì)家蠶所擁有的所有基因進(jìn)行注釋，開(kāi)展重要功能基因的基礎(chǔ)和應(yīng)用研究，并聯(lián)合國(guó)內(nèi)科研單位，組成攻關(guān)隊(duì)伍，開(kāi)展蠶絲產(chǎn)業(yè)化應(yīng)用和模式昆蟲(chóng)、醫(yī)學(xué)模式和生物工廠研究。
新聞背景：家蠶基因組“框架圖”與“精細(xì)圖”的區(qū)別
有關(guān)專家介紹，家蠶基因組“框架圖”的完成只是家蠶基因組研究和開(kāi)發(fā)計(jì)劃的第一步，而其“精細(xì)圖”預(yù)計(jì)在明年完成。家蠶基因組“框架圖”與“精細(xì)圖”有什么區(qū)別呢？
中國(guó)家蠶基因組計(jì)劃項(xiàng)目主持人、中國(guó)工程院院士向仲懷介紹，“框架圖”是相對(duì)于“完成圖”或“終圖”而言，但實(shí)際上，真正的“完成圖”并不存在，因?yàn)樗倳?huì)存在一些空隙，而“精細(xì)圖”則比“框架圖”更進(jìn)一步，更為準(zhǔn)確、精細(xì)。
基因組“框架圖”的要點(diǎn)包括：測(cè)序工作量達(dá)到基因組的５倍；基因覆蓋率達(dá)到９０％以上，即經(jīng)初步組裝的“一致性”序列占整個(gè)基因組的９０％以上；經(jīng)初步組裝的“一致性”序列中堿基的準(zhǔn)確率達(dá)９９％以上，即每一堿基出錯(cuò)的可能性（誤差率）應(yīng)低于１％。
家蠶基因組有４億５千萬(wàn)堿基對(duì)，約為人類全基因組的七分之一，是果蠅基因組的３倍，略大于水稻基因組。我國(guó)科學(xué)家繪制完成的家蠶基因組“框架圖”，覆蓋度一次性從水稻的４．８倍提高到６倍，大大提高了“框架圖”的質(zhì)量和準(zhǔn)確度，進(jìn)一步展示了我國(guó)的高通量、低成本的基因測(cè)序技術(shù)，以及高性能計(jì)算的能力和軟件編寫(xiě)上的綜合實(shí)力。（完）
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